A típus kifejlesztését a Jakovlev tervezőiroda 1960-ban kezdte el abból a célból, hogy az akkorra már elavult, szovjet belföldi járatokon üzemelő, az Aeroparkban is megtekinthető Li-2 és Il-14 típusok leváltása a gyenge infrastruktúrával rendelkező vidéki repülőterekről is zökkenőmentes lehessen. A repülőgép első felszállására 1966. október 21-én került sor, majd 1967-ben a Szaratovi Repülőgépgyárban kezdődött el a sorozatgyártás. Helyi körökben sugárhajtású Li-2-nek is nevezték.

Az 1967–1981 között folyt gyártás során összesen 1011 darab Jak-40 készült. Ezek nagy részét a Szovjetunióban az Aeroflot, a belföldi járatokon üzemeltette. 1970-ben a CCCP-87729 lajstromjelű repülőgép egy reklám kőrútra indult először Olaszországba, itt ideiglenes I-JAKA jellel repült, majd 1971-ben távol keletre, majd Ausztráliába látogatott. 1872-ben a típus nemzetközi légi alkalmassági bizonyítványt kapott, így állhatott forgalomba elsőként Olaszországban az Aertirrena, majd nem sokkal később a német General Air légitársaságnál. Az afgán Bakhtar légitársaság és a jugoszláv légierő is az első külföldi felhasználók között volt. A repülőgép közkedvelt volt Kubában, a dél-amerikai országokban, sőt még Vietnámban is. A szovjet utódállamok belföldi járatairól kivont repülőgépek egy részét VIP-kivitelűre építették át, és több vállalat valamint magánszemély így napjainkban is használja. Az nyugat-európai forgalomban már nem vesz részt a zajszint előírások miatt, de például Csehország légiereje még fenntartja a típust.

Az igénytelen üzemeltetésű repülőgéptípusra jellemző, hogy nem kíván infrastruktúrát, van saját, a farokrész alatt lenyitható utaslépcsője, az energia ellátást és hajtóművek indítását biztosító segédhajtóműve. Az egyenes szárnyaknak köszönhetően, az alacsony sebességeken is jó manőverező képesség, a masszív túlméretezett futóművek lehetővé tették, akár füves futópályáról is üzemelést. Mindezeknek azonban szükségszerűen áldozatul esett az utazósebesség.

A típus Magyarországra először 1975-ben érkezett meg, az akkori Légiforgalmi és Repülőtéri Igazgatóság (LRI) kalibrálási feladatainak végrehajtására. A Malév 1991-ben rövidtávú járatainak kiszolgálására három darab Jak-40-t szerzett be, de ezektől 1998-ban megvált.

Az Aeroparkban kiállított HA-YLR lajstromjelű, Jak-40E típusú, 9541044 gyártási számú repülőgép 1975. december 17-én érkezett meg Ferihegyre, a Légiforgalmi és Repülőtéri Igazgatóság (LRI) megrendelésére. 1978-ban beszerelték a S. TFIS 7701 teljes légi ellenőrző berendezést, mely az ICAO II kategóriának felelt meg. Később III kategóriára bővítették, ezután pályaellenőrzésekre, ILS bemérésre és egyéb feladatokra használták. 1987-ben a Malév üzemeltetése alá került, ennek megfelelő színekre festették át annyi különbséggel, hogy az ablakok alá felfestették a „Flight Inspection Service” feliratot. A Malévnál történt arculatváltás után 1993-ban az új színtervhez hasonló festést kapott. A repülőgép továbbra is az LRI tulajdonában maradt, de a LinAir nevű légitársasággal közösen üzemeltették. A repülőgéppel az LRI a 90-es évek elejétől a környező országokban is igen kedvező visszhanggal végezte a műszeres beméréseket, majd a piaci helyzet változása a repülőgéppel végzett munkarepülések csökkenését is magával hozta. A Jak-40-est sokáig a műszaki előtéren tárolták, majd 2001 tavaszán került az Aeroparkba.